Oltre alle migliaia di edizioni musicali a stampa e ai molti testi di argomento musicologico, storico, artistico e letterario, la Biblioteca del Conservatorio possiede alcune collezioni speciali:
• L'Archivio del Teatro Verdi (già Teatro Nuovo) di Padova, una raccolta di manoscritti di opere liriche, sinfonie e balli eseguiti presso questo Teatro, tra la fine del Settecento e la prima metà dell’Ottocento.
• Una raccolta di oltre 1.200 libretti per musica di opere rappresentate in Italia e nel Veneto in particolare, con datazioni comprese tra il 1797 ed il 1950. È stata avviata una prima ricognizione finalizzata alla riproduzione dei libretti non già disponibili online. Al momento, della raccolta del Pollini, sono segnalati nella banca dati digitale Corago circa 260 libretti, 42 dei quali riprodotti integralmente. Sulla raccolta di libretti, si veda anche il Catalogo dei libretti per musica della Biblioteca del Conservatorio Pollini, a cura di Federica Bressan, con la collaborazione di Elena Bertoni, Conservatorio Statale di Musica "C. Pollini", 2011.
• Il Fondo “Pollini”, che raccoglie il materiale librario-musicale appartenuto a Cesare Pollini (Padova 1858 – 1912), docente e primo direttore dell’Istituto musicale di Padova, poi divenuto Conservatorio di Musica e a lui intitolato.
• Una cospicua sezione di edizioni e manoscritti rari oltre a numerose collezioni acquisite attraverso lasciti di importanti personaggi della vita culturale padovana tra 800 e 900, tra i quali Luigi Pistorelli, Antonio (Toni) Sorgato, Bruno Barzilai, Carlo Carturan, Paolo Ceccaroli, Max Cassoli, Teresa Rampazzi. Più di recente sono stati accolti i lasciti di Sandro Dalla Libera, organista, compositore, musicologo e direttore del Conservatorio, e le donazioni di due ex docenti, Giovanna Borelli, già docente di Storia della Musica, e Filippo Juvarra, per molti anni Bibliotecario del Conservatorio, oltre a diverse donazioni minori che hanno comunque accresciuto il patrimonio della Biblioteca di materiale di grande interesse non solo per la storia musicale locale.
• Una collezione di partiture in Braille, proveniente dalla ex sede staccata “Istituto Configliachi”, che per consistenza è la seconda in Italia dopo quella della Biblioteca Italiana per i Ciechi “Regina Margherita” di Monza.
• Una collezione fonografica di circa 5.000 unità costituita in gran parte da rari dischi a 78 giri di registrazioni storiche (anni 1920-1950), in molti casi mai riversate su supporti più moderni. In questo fondo sono confluite la discoteca di Paolina Enrichetta (Mimì) Zuccari, e quella, recentemente acquisita, del compositore Aldo Clementi, uno dei principali compositori italiani del secondo Novecento.
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